MBC 시사교양 프로그램 PD수첩은 지난 9일 저녁 11시 10분부터 방영한 '명성교회 800억의 비밀'이란 제목의 방송에서 명성교회의 선교비를 둘러싼 의혹을 비롯해 세습에 대한 내용, 박 모 장로의 자살, 그리고 명성교회가 소유하고 있는 부동산에 대해 의혹을 제기했고, 명성교회 교인 혹은 전 교인들로부터 제보를 받아 취재한 내부적인 내용과 함께 명성교회 소유 부동산에 대한 자료 등을 제시하며 조목조목 의혹된 내용을 지적했으며, 선교비와 관련해서 외화밀반출에 대한 의혹까지 제기했다.

그러면서 PD수첩은 명성교회측의 답변을 듣기를 원했지만 끝내 불발됐다면서 계속해서 명성교회와 관련된 제보를 받고 있다고 마무리했다.

이같은 PD수첩의 보도에 대해 명성교회는 10일 언론사에 보낸 입장문을 통해 “PD수첩이 종교의 특수성을 고려하지 않고 허위사실과 단순 흑백논리로 마녀사냥식 여론몰이를 함으로써 교회와 교인들의 명예를 심각하게 훼손했다면서 민형사상 법적 대응을 적극검토하고 있다”고 밝혔다.

이어서 명성교회측은 방송을 통해 제기된 문제점들에 대해 반박하면서, 명성교회가 소유한 부동산 등은 공익 사업을 위해 사용되고 있다고 설명하며 PD수첩이 집중 제기한 800억원과 관련해서도 이월적립금이라고 교회의 입장을 전하며, “선교센터 매입과 성전 리모델링, 국내 장학관 설립, 에디오피아 MCM 병원과 의과대학 건축 및 운영 등에 사용하고 300억원이 남아있다”고 밝히면서, “공적자산을 대물림하는 재산으로 규정한 것과 외화밀반출을 운운한 보도에 대해서도 음해”라는 내용을 주장했다.